ولد سليم حسن بقرية ميت ناجي التابعة لمركز ميت غمر محافظة الدقهلية بمصر، وقد توفى والده وهو صغير فقامت أمه برعايته وأصرت على أن يكمل تعليمه، بعد أن أنهى سليم حسن مرحلة التعليم الابتدائية والثانوية وحصل على شهادة البكالوريا عام 1909م ألتحق بمدرسة المدرسين العليا، ثم أختير لإكمال دراسته بقسم الآثار الملحق بهذه المدرسة لتفوقه في علم التاريخ وتخرج منها في عام 1913م
في العام 1929م بدأ سليم حسن أعمال التنقيب الأثرية في منطقة الهرم لحساب جامعة القاهرة لتكون المرة الأولى التي تقوم فيها هيئة علمية منظمة أعمال التنقيب بأيد مصرية، وكان من أهم الأكتشافات التي نتجت عن أعمال التنقيب مقبرة (رع ور) وهى مقبرة كبيرة وضخمة وجد بها العديد من الآثار.
أستمر سليم حسن في أعمال التنقيب في منطقة أهرامات الجيزة وسقارة حتى عام 1939م اكتشف خلال تلك الفترة حوالي مائتي مقبرة أهمها مقبة الملكة (خنت كاوس) من الأسرة الخامسة ومقابر أولاد الملك خفرع، بالإضافة إلى مئات القطع الأثرية والتماثيل ومراكب الشمس الحجرية للملكين خوفو وخفرع.
عين سليم حسن في عام وكيل عام لمصلحة الآثار المصرية ليكون بذلك أول مصري يتولى هذا المنصب ويكون المسؤل الأول عن كل آثار البلاد، وقد أعاد إلى المتحف المصري مجموعة من القطع الأثرية كان يمتلكها الملك فؤاد، وقد حاول الملك فاروق استعادة تلك القطع ولكن سليم حسن رفض ذلك مما عرضه لمضايقات شديدة أدت إلى تركه منصبه عام 1940م
استعانت الحكومة المصرية في عام 1954م بخبرة سليم حسن الكبيرة فعينته رئيسا للبعثة التي ستحدد مدى تأثير بناء السد العالي على آثار النوبة. أنتخب سليم حسن في عام 1960م عضوا بالأجماع في أكاديمية نيويورك التي تضم أكثر من 1500 عالم من 75 دولة.